126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_R0043 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_R0043  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt16  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt16  tRNA-Arg  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna130  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01275  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1195  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1236  tRNA-Arg  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4310  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0580312  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0010  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0033  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000307199 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t27  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0226872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA53  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224894  normal  0.311657 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 		 72 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.691429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1999  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0038  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0029  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0127801  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0039  tRNA-Asn  96.43 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092174  hitchhiker  0.00180785 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0032  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0117  tRNA-Asn  100 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561727  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0050  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0045  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000151392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0026  tRNA-OTHER  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.826255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0158353  normal  0.287055 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  83.1 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23950  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0625654  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0015  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000221825  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0031  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.61738  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0021  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.191091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0043  tRNA-Val  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.174816  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000395648 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0041  tRNA-Arg  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00651741  normal  0.289964 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0034    100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.025116  hitchhiker  0.0090759 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0038  tRNA-Lys  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0027  tRNA-OTHER  100 
 
 		 71 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0064  tRNA-Pro  100 
 
 		 71 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0432605  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0008  tRNA-Asn  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309096  tRNA-Pro  100 
 
 		 69 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.185  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0030  tRNA-Arg  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000649566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0024  tRNA-Arg  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.242795  normal  0.395578 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.8382 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0013  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0014  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>