40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6049 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4310  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0580312  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0033  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000307199 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0010  tRNA-Arg  96.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0043  tRNA-Arg  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t27  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0226872  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t63  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 69 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198832 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA53  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224894  normal  0.311657 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0035  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0035  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 75 bp  50.1  0.00008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.150876  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1195  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1236  tRNA-Arg  87.76 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1762  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443699  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20500  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0314727  normal  0.242417 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01275  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna130  tRNA-Arg  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0104  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.147929 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0035  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.640819  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>