118 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0042 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.15622 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  94.34 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0028    87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0032  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.191014  normal  0.309777 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0032  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.163942  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1960  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.775984  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0008  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.894814  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t41  tRNA-Arg  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0465377  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA46  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.198158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0771  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0008  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0008  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00037457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna45  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  86.36 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0039  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.364679  normal  0.784144 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0042  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0041  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.335788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0029  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.763657  normal  0.753454 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0003  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06510  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000338303  normal  0.349036 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0045  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0026  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.198088  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19600  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0108959  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0629  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_R0070  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.143256  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0003  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00889349  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1416  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0036  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.49468e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0016  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000514764  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24820  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.173239 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0044  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.959306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0004  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0038  tRNA-Arg  84.62 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.495611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0029    96.43 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.189248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4310  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0580312  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0010  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0033  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000307199 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08220  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.825752 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0051  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0009  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0051  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0016  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.625219  normal  0.104037 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>