260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_R0023 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165773  normal  0.561147 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.464921  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0032  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.717284 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0059  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.925034  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0038  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.903722  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0057  tRNA-Arg  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0595904  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0001  tRNA-Arg  94.03 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000000693599  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0043  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0001  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.436716 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0048  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.593319  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3177t  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.375057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0078  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.148799  normal  0.909544 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24430  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0257328  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13672  tRNA-Arg  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.126339  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0055  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000119585  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0056  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000106381  normal  0.420603 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01392  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0442  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna129  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0035  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0014  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.434333 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0066  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.171209  normal  0.834586 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0107  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  9.38441e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0525  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000996192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5087  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000056915  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t05  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4157  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000133465  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0042  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00513283  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0054    100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0010  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00272468  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4322  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.17442e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0005  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.31059  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.249758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4710  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  6.38627e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4260  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000095495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0288  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528519  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5230  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000196112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4142  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000739333  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.336526  hitchhiker  0.00896286 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.312192  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0009  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0891708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0006  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0097  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000263693  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4199  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.81521e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0067  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0003  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000103446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0015  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0025  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0064  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294983  normal  0.0656653 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0004  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0303  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4319  tRNA-Arg  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000432818  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>