187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0030 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0030  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0052  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0031  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.250775 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0009  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.29751  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0020  tRNA-Arg  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.732276  normal  0.397145 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4310  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0580312  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0033  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000307199 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0010  tRNA-Arg  86.3 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11730  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.827241  normal  0.87857 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  94.29 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  92.31 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0167609  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0047  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.67913  normal  0.0842935 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0064  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00190165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0017  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0031  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0022  tRNA-Arg  85.14 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000193997 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0034  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000620516  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_654  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.026244  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0065  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000631385  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tArg02  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0024  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0049  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00000247527  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0020  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0945602  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0050  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0012  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.255284 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0035  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.111651 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0064  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0022  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.189189 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0042  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0046  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.426142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt027  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0476936  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1291  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0077  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0069  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0065  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0929  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0164409  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14028  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  4.989e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589748  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0017  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.034948 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0042  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0069  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.224199 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0040  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0238659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0069  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.14016  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0067  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2639  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.993285  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1010  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1126  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0253785  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1133  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.168397  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0137  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.465736  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0124116  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0028  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.402062  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0033  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.296295 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0052  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.165142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0116  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000040989  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>