65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_R0066 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  92.75 
 
 
74 bp  89.7  9e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0035  tRNA-Met  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.170326  normal  0.471041 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0033  tRNA-Met  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.404585  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0035  tRNA-Met  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.481386  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0037  tRNA-Met  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0565757  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4572  tRNA-Met  94.87 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0001  tRNA-Met  96.97 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0001  tRNA-Met  96.97 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.764109  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  96.97 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  85.71 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  87.27 
 
 
74 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  85.14 
 
 
74 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0035  tRNA-Met  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4310  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0580312  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0011  tRNA-Met  93.94 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0033  tRNA-Arg  100 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000307199 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0055  tRNA-Met  82.89 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  90 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  96.3 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0007  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.688543  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0055  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000183529  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0033  tRNA-Arg  96.15 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000397698  normal  0.298215 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0069  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0196822  normal  0.911508 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0018  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.330043  normal  0.24905 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>