78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_t27 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t27  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0226872  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA53  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0224894  normal  0.311657 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t63  tRNA-Arg  100 
 
 		 69 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.198832 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0077  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.749348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0046  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00661721  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0741541  normal  0.518093 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R67  tRNA-Arg  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0322205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20500  tRNA-Arg  98.11 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0314727  normal  0.242417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1762  tRNA-Arg  98.11 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443699  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0030  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.474637  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0053  tRNA-Arg  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.667012 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0060  tRNA-Arg  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.411599  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0044  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.310656 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0104  tRNA-Arg  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.147929 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0008  tRNA-Arg  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.796932  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0003  tRNA-Arg  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.51263  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0017  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.915469  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0043  tRNA-Arg  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0012  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000664618  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt16  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt16  tRNA-Arg  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0088  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000315213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0023  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.350487  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0010  tRNA-Arg  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0023  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000416946  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  88.64 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0026  hypothetical protein  88.64 
 
 		 324 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000553875  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0111  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0080  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.157994  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0062  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0050  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000344943  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0035  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.2650599999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0020  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0041  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0070  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135947  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.360005  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0118555  normal  0.877407 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0028  tRNA-Arg  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.709606 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0063  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.257054  normal  0.817877 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0009  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0189312  normal  0.600027 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  88.37 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0064  tRNA-Arg  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0096  tRNA-Arg  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.157485 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0022  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0045  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000178577  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  85.19 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>