93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0038 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0023  tRNA-Arg  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0026  tRNA-Arg  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0131801 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0080  tRNA-Arg  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.833302  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0021  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00687785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0016  tRNA-Arg  89.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0055  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0044  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0046  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.426142  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0001  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1195  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1236  tRNA-Arg  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0046  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0042  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.155325  normal  0.0810865 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0061  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.204064  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2262  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.54251  hitchhiker  0.00000000419015 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0056  tRNA-Arg  88.33 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1282  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0040  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0037  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4261  tRNA-Arg  88.46 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000175716  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0042  tRNA-Arg  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0029  tRNA-Arg  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0054  tRNA-Thr  88.14 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0031  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.292104 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6039  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.406085  normal  0.551037 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.51263  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0041  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000701691  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0025  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.797494  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0057  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0049  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0059  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0032  tRNA-Arg  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513939  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0124  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.305911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  89.8 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0050  tRNA-Arg  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000128438 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0033  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0031  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.250775 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  86.15 
 
 		 73 bp  50.1  0.00008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0064  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0099  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.313433 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0038  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00706583  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0040  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.435782  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0025  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0135178  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0062  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.825688 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2749  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0535  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.266332  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1960  tRNA-Arg  85 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.775984  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0048  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.185518  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1714  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.22026  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t41  tRNA-Arg  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0465377  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0023  tRNA-Arg  85 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.2030600000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5037  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0008  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.894814  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0924  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.154841  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0006  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.168855  normal  0.285381 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1545  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1514  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6049  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0024  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0040  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1748  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0337298  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0040  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.849707  normal  0.98393 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  85 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0018  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000291564  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0017  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0049  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00163876  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0042  tRNA-Arg  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0606  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0764025 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0629  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAArgVIMSS1309121  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.206982  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0046  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0051  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110846 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0023  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.45343  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0027  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000775321  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0015  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000291538  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0602  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.921994  normal  0.0915325 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0600  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.775158  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R01  tRNA-Arg  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0599  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676837 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0664  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.294078  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>