More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_R0058 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro01  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 78 bp  121  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113997 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro02  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 78 bp  121  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.112486 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 74 bp  109  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13670  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  6e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.11068  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0021  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 75 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.18962 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000960142  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  97.37 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0019  tRNA-Pro  90.38 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.461088  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0050  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0025  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0258602  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0025  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0259954  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5695  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000661366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5725  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000708731  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4570  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000623661  normal  0.109465 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0786  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.39935e-31 
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 80 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0007424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000658436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000771561  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 80 bp  60  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 80 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000391226  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000195724  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5027  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000593186  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0052  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0101  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401442  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000342912  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0219  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000281593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0031  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0030  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  90 
 
 		 75 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0102  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0136  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00336688  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0861  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101894  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0044  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.000299303  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5640  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 79 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.108099  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5733  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0132  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000929612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4996  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5812  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000461866  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0105  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000482088  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0012  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.189557  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R20  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0024  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.158579  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0015  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000369215  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0015  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000278716  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0051  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000340535  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0027  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.235934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0055  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.758534  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0071  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135255  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0031  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1222  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.335805  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0031  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.942258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0180  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0055  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0573  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>