298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1378 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 77 bp  131  2.0000000000000002e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 77 bp  123  6e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  92 
 
 		 75 bp  93.7  5e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0050  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  94 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>