298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0013 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  96.05 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  94.67 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  93.42 
 
 		 77 bp  111  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0023  tRNA-Pro  96.83 
 
 		 74 bp  109  9.000000000000001e-23  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.250925  normal  0.248537 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11950  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.883276 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0019  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26300  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09070  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0246462 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0042  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09860  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.513474  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0092  tRNA-Pro  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0094  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0006  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000451843  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0066  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  5.89097e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0030  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0060  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0058  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.240002  normal  0.210746 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0034  tRNA-Pro  96.97 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000537169  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0031  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.264507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0039  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0027  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.235934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  84.51 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>