296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0035 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  3e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  92 
 
 		 78 bp  93.7  5e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11950  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.883276 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0019  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  95.74 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0030  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0030  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309374  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0046  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0117293  normal  0.0116525 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0044  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.180839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309169  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0008  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309294  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309194  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309094  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.220954  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309128  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0025  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0258602  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5695  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000661366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5725  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000708731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0007424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000658436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000771561  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 80 bp  65.9  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000391226  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000195724  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0105  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000482088  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5812  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000461866  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401442  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000342912  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5027  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000593186  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0025  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0259954  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0219  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000281593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4570  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000623661  normal  0.109465 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0102  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0861  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101894  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0101  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5733  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0132  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000929612  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0136  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00336688  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>