232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_R0026 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0046  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0117293  normal  0.0116525 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0044  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.180839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09070  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.0246462 
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 78 bp  77.8  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0026  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.094878  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  95.74 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0041  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.83752 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0042  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0023  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.250925  normal  0.248537 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.0000000335758  normal  0.0133368 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0013  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.793081  normal  0.281432 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0035  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877859  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09510  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.500506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0019  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t27  tRNA-Pro  100 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0120151  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0101042 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0057  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0061  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.273453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0040  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14040  tRNA-Pro  84.21 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0988532 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03900  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.319325  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  84.62 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0071  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0705665  normal  0.183777 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04840  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.51586 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11950  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.883276 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.929508 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0052  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.330689  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  84.85 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0050  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.134805  hitchhiker  0.00793111 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0269347  normal  0.199214 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09860  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.513474  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>