299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0032 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  97.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  97.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0020  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0038  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>