298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_R0035 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  98.72 
 
 		 78 bp  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  94.87 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  93.06 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  93.06 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  93.06 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  93.06 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  88 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2042  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000171349  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2135  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00369966  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0029  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  97.78 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0043  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0225474  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1470  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>