More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_R0046 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  155  2e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  94.87 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2042  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000171349  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1470  tRNA-Pro  92 
 
 		 75 bp  101  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2135  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00369966  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 75 bp  93.7  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  96.49 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  96.49 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 79 bp  87.7  3e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  97.78 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  90.28 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000960142  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0007  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00278469  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0011  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.908816  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  88.41 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>