298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03760 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0045  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0025  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0030  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>