292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0063 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  98.04 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  98.04 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  96.23 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  96.08 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  96.08 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  96.08 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  96.08 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  96.08 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t097  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t098  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0017  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000587442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0116  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.145812  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0022  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0023  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000214609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0117  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000471019  normal  0.0136219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0117  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000010533  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0134  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000115424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0135  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000102707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0131  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  94.23 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>