More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_R0051 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  96.49 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  92.65 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  92.19 
 
 
74 bp  87.7  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  93.22 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  97.67 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  90.32 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0030  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0033  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.520451  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  88.57 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0030  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.419312  normal  0.337362 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  91.23 
 
 
79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  91.23 
 
 
79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  91.23 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0019  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  92.86 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  88.24 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  95.35 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  88.73 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  95.35 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11950  tRNA-Pro  89.66 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.883276 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  89.66 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  89.66 
 
 
77 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  92 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  89.66 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  89.66 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro01  tRNA-Pro  89.47 
 
 
80 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000413507  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro02  tRNA-Pro  89.47 
 
 
80 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00984668  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>