296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0028 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  96.36 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  97.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t097  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t098  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0017  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000587442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0116  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.145812  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0131  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0022  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0023  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000214609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0117  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000471019  normal  0.0136219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0117  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000010533  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0134  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000115424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0135  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000102707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0009  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4592  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0534  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.101652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0009  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31634  normal  0.278604 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0009  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0408974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>