More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_AR0041 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5233  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6032  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00194019  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0096  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro01  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 80 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000413507  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro02  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 80 bp  71.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00984668  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0058  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0026  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0534  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.101652  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>