181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0019 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.367488  normal  0.0190369 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  91.3 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0053  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.379391  normal  0.108356 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0010  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.173573  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0534  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.101652  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0030  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.777963 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6032  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00194019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0038  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  unclonable  0.00000000141075  hitchhiker  0.00442876 
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.521011 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0048  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.917101  hitchhiker  0.00792166 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  96.77 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t40  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000171726  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0005  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  92.11 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  83.56 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 79 bp  50.1  0.00008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0030  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0035  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00000571794  hitchhiker  0.0000531069 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0056  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4331  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.521695  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  83.82 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0028  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.64195  normal  0.970815 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>