131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_AR0007 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0534  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.101652  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  87.14 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro01  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113997 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tPro02  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.112486 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0022  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.912815  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 74 bp  54  0.000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  84.29 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0043  tRNA-Pro  85.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.417054  normal  0.645592 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0019  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.461088  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0001  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.600067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1156  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.433457  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  83.12 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0042  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0011  tRNA-Pro  85.94 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.908816  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>