298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0036 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  97.33 
 
 		 77 bp  133  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 79 bp  103  6e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2135  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00369966  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24400  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.608929  normal  0.879879 
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0052  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 80 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 80 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 80 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0096  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>