298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_R0034 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  90.67 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11950  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.883276 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>