298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_R0016 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  90.79 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0010  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000189735  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>