298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0018 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0011  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0041  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000127927 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0076  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000227874  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0064  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  92.16 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>