97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_R0005 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 79 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 74 bp  115  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0019  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.512808  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0039  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.123055 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0039  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0069  tRNA-Pro  87.27 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.372254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  87.04 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0020  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0001  tRNA-Pro  88.64 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.600067  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000229425  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0041  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.83752 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0011  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0067  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0024  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.8382 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0031  tRNA-Pro  85.45 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0553  replicative DNA helicase  89.47 
 
 		 1485 bp  44.1  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.78949  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0042  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.164051  normal  0.792068 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0552  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.775788  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t42  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000750468  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  82.86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>