296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4313 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  95.71 
 
 		 77 bp  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  94.29 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  93.15 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0007  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 79 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0007  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60160  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000641605  hitchhiker  0.0000000111412 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60070  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.662949  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t12  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.762961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t14  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R84  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112788  normal  0.137861 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0018  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.767214  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.2205  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0023  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000446356  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  97.62 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0005  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0046  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.372739  normal  0.328278 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0022  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.283237  normal  0.256821 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0552  tRNA-Pro  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.775788  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0008  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0001  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0002  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>