298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0040 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  91.43 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0013  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000629989  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna131  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000799453  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1813  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna020  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000590074  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2559  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000122193  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna018  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000119113  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0089  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  6.62711e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R82  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000106099  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5179  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.827734  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>