259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0012 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0048  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0006  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  85.9 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13260  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0382436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0034  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0742287  normal  0.354735 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>