298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_R0023 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  93.85 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  97.78 
 
 		 78 bp  81.8  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  95.92 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  97.73 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0014  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.599109 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  88.57 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  97.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  90 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  97.5 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  90 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0033  tRNA-Pro  95.35 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000399427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>