More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_R0035 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  96.67 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  96.49 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  97.92 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  97.92 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  97.92 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  90.62 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  89.06 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0116  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.145812  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t097  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t098  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0017  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000587442  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0131  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000960142  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0022  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0023  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000214609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0117  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000471019  normal  0.0136219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0117  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000010533  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0134  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000115424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0135  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000102707  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1470  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.350456  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2042  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00000171349  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1685  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.443459  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1763  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  87.69 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0101  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000391226  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000195724  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0019  tRNA-Pro  93.02 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000000286409  normal  0.184276 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  91.49 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>