More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mesil_R0041 on replicon NC_014212
Organism: Meiothermus silvanus DSM 9946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 77 bp  99.6  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0011  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000391408  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5235  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000789982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4202  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.22322e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4322  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000374213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0099  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0086  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0096  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0088  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000235506  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0004  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.170858  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0071  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000628165  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5233  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000806074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0097  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0098  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.266439  normal  0.536301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0118  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0573912  normal  0.387892 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  88.06 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>