More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caul_R0051 on replicon NC_010338
Organism: Caulobacter sp. K31



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  93.15 
 
 
77 bp  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  91.89 
 
 
74 bp  99.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  91.78 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  90.91 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0026  tRNA-Pro  98 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00524532  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  90.41 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  94.74 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro01  tRNA-Pro  93.1 
 
 
80 bp  83.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000413507  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tPro02  tRNA-Pro  93.1 
 
 
80 bp  83.8  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00984668  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  96 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0041  tRNA-Pro  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  92.98 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  89.04 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3101t  tRNA-Pro  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00487  tRNA-Pro  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3099t  tRNA-Pro  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.000107843  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01261  tRNA-Pro  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3155t  tRNA-Pro  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00489  tRNA-Pro  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  91.38 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  91.38 
 
 
79 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  91.38 
 
 
79 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  91.38 
 
 
79 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>