298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_R0049 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  97.33 
 
 
77 bp  133  6e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  94.67 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  92 
 
 
77 bp  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  92 
 
 
77 bp  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  92 
 
 
77 bp  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  96.43 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t098  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000663033  normal  0.0932756 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0038  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000899293  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0141  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.122826  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t001  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0103  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000727228  decreased coverage  0.000000214334 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0027  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00246876  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0144  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000613621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0122  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00712397  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0142  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.130336  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0048  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000100606  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t107  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  90.67 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0028  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00514358  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0027  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000324929  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0046  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000453767  hitchhiker  0.0000828502 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  90.67 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0123  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0167093  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0142  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00432211  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0143  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00160739  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0130  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0016  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0017  tRNA-Pro  96.36 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  94.83 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  94.64 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  89.33 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t024  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t097  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t098  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  89.33 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  92.06 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0116  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.145812  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0017  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000587442  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0117  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.196066  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0026  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000193021  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  94.55 
 
 
79 bp  85.7  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0022  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000205462  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0023  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000214609  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0117  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000471019  normal  0.0136219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0117  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000010533  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0134  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000115424  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0135  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000102707  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0016  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000188121  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0022  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00394486  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0023  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0114  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000342233  normal  0.573602 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  94.55 
 
 
79 bp  85.7  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0131  tRNA-Pro  94.55 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  97.83 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0042  tRNA-Pro  89.19 
 
 
74 bp  83.8  0.000000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  97.83 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  97.83 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  92.86 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0002  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0110992  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  88.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0006  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000337222  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4129  tRNA-Pro  88.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.17442  normal  0.148505 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  88 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  88 
 
 
80 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88 
 
 
80 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4164  tRNA-Pro  88.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231631  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  92.73 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0002  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.236408  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  88 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0013  tRNA-Pro  88 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0045  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0152131  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0528  tRNA-Pro  88.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000899305  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  88.73 
 
 
79 bp  77.8  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0121  tRNA-Pro  88.73 
 
 
77 bp  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000547539  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2135  tRNA-Pro  92.73 
 
 
78 bp  77.8  0.0000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00369966  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>