299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0011 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0004  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000393504  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0096  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0096  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.859581  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0066  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.645419 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0064  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.713183  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0001  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0207392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0063  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.305975  normal  0.0658798 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0009  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0037  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.201404  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0067  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.750062  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0049  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.241293 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  92.65 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 79 bp  93.7  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00636416  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 79 bp  85.7  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0050  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25920  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0001  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.170167  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 79 bp  81.8  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0009  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0408974  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0009  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4592  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0009  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.31634  normal  0.278604 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0015  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11205  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0041  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0056  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.933296  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0011  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  88.41 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0039  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0065  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.226717 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0023  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.587068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0018  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.662018 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0066  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.880566  normal  0.0590794 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0015  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0066  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0057  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.434776 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0020  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0021  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.29162  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0022  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.281801  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0087  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000686705  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  97.22 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4263  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000112218  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4214  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000749562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  97.22 
 
 		 78 bp  63.9  0.000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4713  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.43285e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0002  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4295  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>