298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_R0011 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  92.65 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  92.65 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  92.65 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  92.65 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  92.65 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  92.65 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  92 
 
 		 75 bp  93.7  6e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0024  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471788  normal  0.0816799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0029  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.718655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0022  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.490291  normal  0.131651 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0027  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0074  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.115368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0026  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174672  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt25  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt25  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0017  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.334126  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0019  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0928705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna46  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0057  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0057  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0006  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.715735  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0089  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619101  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t12  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00000649817  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t14  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00607834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0022  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000445739  unclonable  9.38504e-19 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0680  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0731401  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0785  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.571174  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0066  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000715268  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0042  tRNA-Pro  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.010895  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0035  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA10  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00000000713985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA12  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000032526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA24  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.903003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0085  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000032412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0030  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0037  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000230593  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>