298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mext_R0057 on replicon NC_010172
Organism: Methylobacterium extorquens PA1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0018  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.021826  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1501  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.287153  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0562  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.60431  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0056  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000198324  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 74 bp  103  6e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2210  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.225115  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03760  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0036  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1454  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00328023  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2326  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.261307  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1418  tRNA-Pro  90.41 
 
 		 79 bp  89.7  9e-17  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0014  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000480713  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2135  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00369966  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0045  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0037  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.217744 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  92.19 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.855611  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  97.67 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  94.12 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0028  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0102349  hitchhiker  0.000264147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4569  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0425443  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11950  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.883276 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  95.65 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0089  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000343709  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>