298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0012 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 80 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 80 bp  89.7  9e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 80 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0036  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0052  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0066  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.060249  normal  0.806885 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0101  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5695  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000661366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5725  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000708731  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5027  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000593186  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0861  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101894  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0025  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0258602  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0007424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000658436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000771561  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0219  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000281593  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000391226  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000195724  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401442  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000342912  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0786  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.39935e-31 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5640  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.108099  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5733  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5812  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000461866  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1222  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.335805  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4570  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000623661  normal  0.109465 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0136  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00336688  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0025  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0259954  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0105  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000482088  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0132  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000929612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4996  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0102  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0035  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000578249  normal  0.604017 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0032  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.994624  normal  0.886645 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0049  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0059  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000960142  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0097  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000000321345  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0573  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0063  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0046  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0024  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.158579  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0051  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000340535  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.00000933808  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0015  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000278716  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0055  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.758534  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0055  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0017  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0015  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000369215  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0031  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.942258  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0180  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0071  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0135255  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0007  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000164382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0008  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00816895  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0047  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000442161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0044  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.000299303  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.226409  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2561  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000630917  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0027  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.417259 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>