More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_6001 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  98.7 
 
 		 77 bp  145  2e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  97.22 
 
 		 77 bp  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  95.77 
 
 		 77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  93.59 
 
 		 78 bp  107  4e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  92.31 
 
 		 78 bp  99.6  9e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0018  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.336575 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  96.49 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  93.65 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  91.03 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0003  tRNA-Pro  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.308325  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  94.92 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0006  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0011  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.162478  normal  0.385967 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 75 bp  75.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00070  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000213346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0104  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000101126  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4160  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214401  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4160  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000011069  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4145  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 79 bp  73.8  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000725201  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5090  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000428942  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0094  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000259411  normal  0.139544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>