More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_R0055 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0013  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000000324358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0016  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0128175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0045  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0056  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  hitchhiker  0.000452415  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0018  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0036  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0040  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0028  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0006  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAProVIMSS1309277  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.203232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0035  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000197485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0034  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0029  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.334449 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0011  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  87.18 
 
 		 78 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0030  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.640007  normal  0.447016 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0030  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000233844  normal  0.0418304 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0026  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  90.57 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0058  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.390134  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_BR0019  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.167902  normal  0.135206 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0035  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  87.3 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0050  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t02  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.143246  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0012  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0142147 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0009  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.152729 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0041  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0051  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1378  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0188  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.320411  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0031  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14026  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0059  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>