298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_R0013 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  98.36 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  96.72 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0055  tRNA-Pro  92.96 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  98 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0021  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0691598 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0012  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.762181  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  94.83 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  97.83 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0064  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0031  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0023  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.247258  normal  0.475897 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0012  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00369197  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0049  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.197597  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0051  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0051  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0049  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.757916 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  93.1 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  95.56 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0051  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0059  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0057  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0004  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0017  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0020  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0219771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  93.33 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4313  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0052  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375643  normal  0.0809617 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0039  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0435386 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0039  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0044  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.261582 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1222  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.335805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1531  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.47488  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0016  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0039  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.266264  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>