More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0027 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0051  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.659123  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4311  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0041  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0002  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0010  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.475805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  91.7  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0493619  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  96 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  96 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0035  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000101815  hitchhiker  0.00514496 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  96 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  96 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  96 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0007  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0007  tRNA-Pro  91.8 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.845776 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0058  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.387879  normal  0.0550835 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0035  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.928344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0031  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418817  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0028  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0001  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0036  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0057  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0107433  normal  0.396712 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0041  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0248017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0033  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.614973  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0056  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.715456  normal  0.81728 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0051  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000729144 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0050  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000408942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0036  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000000605853  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0040  tRNA-Pro  88.46 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000750731  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.253488 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0036  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00692633  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0063  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.870767  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0071  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000011229  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2378  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0594589  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2580  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0698829 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2468  tRNA-Pro  87.5 
 
 		 79 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.135658  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>