299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noc_R0018 on replicon NC_007484
Organism: Nitrosococcus oceani ATCC 19707



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  94.37 
 
 		 77 bp  109  9.000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 79 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  93.44 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  90.14 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0002  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.815773  normal  0.273413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0029  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.115718 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0044  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60200  tRNA-Pro  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2512  tRNA-Pro  94 
 
 		 79 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  91.38 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28740  tRNA-Pro  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000230263  hitchhiker  0.00000000587474 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  93.88 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0005  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0026  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.122397  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0042  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.888445  hitchhiker  0.00955476 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0010  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000124402  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0015  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0028  tRNA-Pro  87.32 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0254215  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>