255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_R0001 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0972  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0531228  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0050  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  0.906825 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  87.67 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0048  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.281731  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0027  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0021  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0035  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000012695  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0033  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0054  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0030  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000324054  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0031  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000674228  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0031  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000153307  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0035  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000124879  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  86.3 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0048  tRNA-Pro  97.22 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0031  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.421646 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0013  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00368769 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0049  tRNA-Pro  86.76 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0138154  hitchhiker  0.00000207581 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0032  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0025005  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  84.93 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>