298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4561 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 77 bp  107  4e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 79 bp  107  4e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  98.25 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  98.21 
 
 		 74 bp  103  6e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  95.24 
 
 		 74 bp  101  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  96.61 
 
 		 77 bp  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 79 bp  97.6  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  95.08 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  91.78 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  93.85 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  93.7  6e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  97.87 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  93.22 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  94.44 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  90.77 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  94.34 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  89.04 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  88 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  88.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0044  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.408268  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt38  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt38  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0067  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.912761 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0009  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0009  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.687606  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0009  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.565399  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0008  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t57  tRNA-Pro  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0033  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00669824  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0047  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0527952 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0069  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.648758  hitchhiker  0.00241462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0052  tRNA-Pro  92 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.208712 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0020  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0063  tRNA-Pro  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000266826  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0011  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.192635  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0027  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0277225 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>