277 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_R0003 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0027  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0050  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  89.33 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 79 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2606  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.834732  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0041  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.0647014 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0047  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0050  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0840957  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0711  tRNA-Pro  89.71 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0311688  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t08  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.657243  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  91.53 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_667  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0198942  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0018  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0533393  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0051  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0034  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0043  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.411383 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0040  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000256829  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  87.01 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  95.45 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0028  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0791712  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0060  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0545385 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0023  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  88.33 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0768  tRNA-Pro  89.09 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.28458  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0054  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000175558  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS03937  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0028  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.243939  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 80 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0024  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0011  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0042  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1901  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0053  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.763389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0050  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2581  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0434845  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0044  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.115287  normal  0.132684 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0049  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.046513  normal  0.505241 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0029  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0042  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0016  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.617761  normal  0.659396 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0027  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192798  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12440  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0042  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0040  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.310253  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1528  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.359619  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0032  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.869887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0046  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0243465 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0194  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.56004  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1722  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181858  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1745  tRNA-Pro  84.42 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.666624  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>