198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbis_R0025 on replicon NC_014165
Organism: Thermobispora bispora DSM 43833



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  97.3 
 
 		 74 bp  131  3e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  95.95 
 
 		 74 bp  123  6e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  93.24 
 
 		 74 bp  107  4e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  91.89 
 
 		 74 bp  99.6  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  90.79 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 74 bp  89.7  9e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  94.55 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  92.06 
 
 		 74 bp  85.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  89.19 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 74 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0003  tRNA-Pro  88.16 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.769558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  90.48 
 
 		 74 bp  77.8  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  92.73 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  92.59 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14020  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0069  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 79 bp  69.9  0.00000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  86.67 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0049  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106855  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0079  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.604341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0073  tRNA-Pro  85.53 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00652705  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  88.89 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  96.88 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0042  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.716444  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0010  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.583908 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1407  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00146012  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1470  tRNA-Pro  83.78 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.203252  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0017  tRNA-Pro  82.89 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0061005  normal  0.238616 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0018  tRNA-Pro  82.89 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.452658 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0011  tRNA-Pro  82.89 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0012  tRNA-Pro  82.89 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0290089 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0020  tRNA-Pro  96.43 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.130246  normal  0.018662 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0018  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.161643  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000411074  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09140  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.997808  normal  0.0616263 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  93.55 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0002  tRNA-Pro  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00052  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0017  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.687744  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.701161  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t022  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R19  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000168289  normal  0.0484178 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0088  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0040  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000251493  hitchhiker  0.0001025 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0041  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000296842  normal  0.054295 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0042  tRNA-Met  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00068414  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2747  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000177551  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2750  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.88112e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0112  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000290991  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4212  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.353774  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4213  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.355481  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4214  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.426963  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0019  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0020  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0021  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>