80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_R0035 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 
78 bp  155  2e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14020  tRNA-Pro  92.31 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0033  tRNA-Pro  92.31 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0127395 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0044  tRNA-Pro  92.21 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0158567  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0024  tRNA-Pro  92.11 
 
 
77 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253292  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0032  tRNA-Pro  92 
 
 
74 bp  93.7  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0018  tRNA-Pro  92 
 
 
74 bp  93.7  6e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.530492  normal  0.12762 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0018  tRNA-Pro  92 
 
 
74 bp  93.7  6e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.121924  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0037  tRNA-Pro  92 
 
 
74 bp  93.7  6e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.146864 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0032  tRNA-Pro  92 
 
 
74 bp  93.7  6e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.601376  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0026  tRNA-Pro  92 
 
 
74 bp  93.7  6e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.422663  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0021  tRNA-Pro  92 
 
 
74 bp  93.7  6e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0032  tRNA-Pro  91.03 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00831776  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15160  tRNA-Pro  91.03 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00584084  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0030  tRNA-Pro  91.03 
 
 
77 bp  91.7  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000286797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0029  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0677736  normal  0.092097 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14021  tRNA-Pro  90.67 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0029  tRNA-Pro  90.67 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.396369  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23920  tRNA-Pro  90.67 
 
 
74 bp  85.7  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.106953  normal  0.110319 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15480  tRNA-Pro  89.74 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.837894  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0043  tRNA-Pro  92.19 
 
 
74 bp  79.8  0.00000000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0170855  normal  0.349798 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0053  tRNA-Pro  89.33 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00100217  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0033  tRNA-Pro  89.33 
 
 
74 bp  77.8  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0281324  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19810  tRNA-Pro  88.46 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0034  tRNA-Pro  91.94 
 
 
74 bp  75.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.139468  normal  0.191079 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0024  tRNA-Pro  88.46 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0559967  normal  0.0473979 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0027  tRNA-Pro  93.1 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06390  tRNA-Pro  88.46 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.284201  normal  0.0452079 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0011  tRNA-Pro  88.31 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0041  tRNA-Pro  88.16 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0033  tRNA-Pro  88.89 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.981305 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0025  tRNA-Pro  90.91 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0023  tRNA-Pro  92.73 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.310662  normal  0.736236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0026  tRNA-Pro  92.73 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0067  tRNA-Pro  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.588797  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0043  tRNA-Pro  91.38 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.390511  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0033  tRNA-Pro  90.32 
 
 
74 bp  67.9  0.0000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.273821  hitchhiker  0.000950715 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4561  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.315757  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0048  tRNA-Pro  89.66 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.793007 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0020  tRNA-Pro  89.66 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.951008  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0032  tRNA-Pro  89.66 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09740  tRNA-Pro  89.47 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.843645 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0007  tRNA-Pro  94.44 
 
 
77 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.73016 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0059  tRNA-Pro  94.29 
 
 
77 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.193941 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0016  tRNA-Pro  100 
 
 
74 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0020  tRNA-Pro  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0020  tRNA-Pro  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00576144  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0025  tRNA-Pro  90.48 
 
 
74 bp  52  0.00002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.349516 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0040  tRNA-Pro  86.21 
 
 
78 bp  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.181284  normal  0.105985 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0057  tRNA-Pro  84.62 
 
 
77 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0012  tRNA-Pro  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0053  tRNA-Pro  87.72 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000194568  unclonable  8.89969e-24 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0093  tRNA-Pro  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00260635  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0055  tRNA-Pro  86.79 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0114669  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0011  tRNA-Pro  91.89 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.497936  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0004  tRNA-Pro  93.94 
 
 
78 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0052  tRNA-Pro  84.21 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000162603  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_R0016  tRNA-Met  100 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.562679  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0013  tRNA-Pro  86.54 
 
 
78 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.293207  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0059  tRNA-Thr  100 
 
 
75 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000197967  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  88.37 
 
 
79 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0012  tRNA-Pro  91.43 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 
78 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.877859  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  88.37 
 
 
74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0008  tRNA-Pro  86.21 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0152664  normal  0.709195 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0031  tRNA-Pro  86.21 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0616283  decreased coverage  0.00565268 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0040  tRNA-Pro  86.21 
 
 
74 bp  44.1  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  ABOO_t30  tRNA-Ile  100 
 
 
124 bp  44.1  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0057  tRNA-Pro  83.33 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0048  tRNA-Pro  83.87 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0010  tRNA-Pro  83.33 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0001  tRNA-Pro  86.21 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0032  tRNA-Pro  86.21 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0050  tRNA-Arg  96.15 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.000000388549  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0047  tRNA-Pro  83.33 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0344434  hitchhiker  0.0000000497357 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0010  tRNA-Pro  83.33 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>